W 1669 r. rozpoczęli franciszkanie odbudowę kościoła z ciosanego kamienia. Prace budowlane ruszyły raźniej pod koniec XVII wieku, gdy w kraju nastąpiło wojenne uspokojenie. Projektantem barokowego kościoła św. Antoniego oraz klasztoru był, prawdopodobnie sprowadzony z Krakowa, ktoś ze znanej rodziny architektów Fontanów. Dobroczyńcami i fundatorami kościoła były wybitne postacie z rodu książąt Wiśniowieckich, którzy w tym czasie posiadali w pobliżu swój pałacyk.
Kościół św. Antoniego został poświęcony dnia 21 czerwca 1739 roku przez sufragana lwowskiego Samuela