Pierwszy z tuneli powstał w roku 1870, a podczas budowy drugiego toru na linii w roku 1898 poprowadzono nim i drugą nitkę torowiska. Drugi tunel budowany był w latach 1914-1917. W nocy z 25 na 26 sierpnia 1939 doszło do tzw. "incydentu jabłonkowskiego" podczas którego niemieccy dywersanci usiłowali zdobyć stację w Mostach koło Jabłonkowa i same tunele co im się jednak nie udało. Podczas zdarzenia tunel został uszkodzony. W latach 2007-2013 przeprowadzono kompleksową modernizację tuneli i otaczającej infrastruktury: