Kościół ewangelicki w Dzięgielowie powstał w 1960 r. jako kaplica urządzona w dawnym drewnianym pawilonie należącym do sióstr diakonis z miejscowego diakonatu Eben-Ezer. Uroczystość jej poświęcenia miała miejsce 3 lipca 1960 r. Kaplica obsługiwała zarówno diakonat, jak i stację kaznodziejską podległą parafii ewangelicko-augsburskiej w Cieszynie.

1 września 2005 r. utworzono samodzielną parafię w Dzięgielowie. Wtedy siostry diakonise przekazały kaplicę na własność nowej parafii, tym samym stała się ona kościołem "Eben-Ezer". W listopadzie 2005 r. do kościoła sprowadzono pięć dzwonów z likwidowanej świątyni w Bielefeld w Niemczech.

Kościół służy potrzebom parafii oraz diakonatu, a także Centrum Misji i Ewangelizacji oraz Tygodnia Ewangelizacyjnego w Dzięgielowie.