W 1646 roku Jakub Wejher uczynił starania u władz zakonnych ojców franciszkanów – reformatów o sprowadzenie do osady ojców i braci zakonnych, którym pragnął zbudować klasztor. W następnym roku przybyli z Wielkopolski do dzisiejszego Wejherowa pierwsi zakonnicy, wśród nich o. Grzegorz Gdański, pierwszy gwardian wejherowskiego konwentu. Początkowo zamieszkiwali oni w prywatnych domach przy obecnej ulicy Klasztornej, a nabożeństwa odprawiali w kościele parafialnym Trójcy Świętej, wzniesionym w 1643 roku przez Jakuba Wejhera jako akt wdzięczności wojewody za cudowne ocalenie w bitwie pod Biała Smoleńską.

W latach 1648–1650 Jakub Wejher zbudował franciszkanom kościół i klasztor, pierwotnie parterowy o konstrukcji ryglowej, do którego wprowadzili się oni w 1649 r. Dwa lata później odbyło się poświęcenie klasztornego kościoła pod wezwaniem św. Anny.

Jesienią tego samego roku otwarto przylegającą do kościoła szkołę, która liczyła siedem oddziałów. W pierwszych klasach funkcjonowała jako szkoła elementarna, w klasach starszych miała charakter kolegium przygotowującego kandydatów do szkół wyższych – duchownych. Uczono w niej języka polskiego, niemieckiego, religii, łaciny i rachunków. Szkołę zamknięto w 1826 roku w związku z represjami władz pruskich, które prowadziły otwartą walkę z polskością i katolicyzmem – kulturkampf – dążąc także do kasaty wejherowskiego klasztoru.

Pierwsza próba likwidacji klasztoru w 1829 roku spotkała się ze zdecydowanym oporem ludności kaszubskiej i w rezultacie nie doszła do skutku. Kolejną próba usunięcia z miasta franciszkanów była prawnie ogłoszona w 1834 roku kasata klasztoru. Zakonnicy pozostali jednak w mieście i pozostali faktycznymi opiekunami Kalwarii. Franciszkanie zostali wyrzuceni z klasztoru dopiero w 1867 roku, a w 1875 roku decyzją władz pruskich, zmuszeni zostali oni do opuszczenia Wejherowa.

Po usunięciu z Jerozolimy Kaszubskiej ojców Franciszkanów, Kalwarią i klasztorem opiekowali się pozostali wejherowscy duszpasterze.

Po kilkudziesięciu latach wygnania i niemal trzystu latach od sprowadzenia ojców franciszkanów do Wejherowa, w uroczystość św. Franciszka 4 października 1946 roku powrócili oni do miasta i na Kalwarię. Zastali w poważnym stopniu zdewastowane i ograbione z cennego wyposażenia kaplice. Przystąpili natychmiast do ich wyremontowania i uzupełnienia wyposażenia. Pod ich okiem nastąpił też rozkwit kalwaryjskiego ruchu pielgrzymkowego, którego tradycje sięgają początków miasta i który trwa nieprzerwanie do dziś. Wznowili oni także wielkopostne Drogi Krzyżowe na Kalwarii, a także rozbudowali kościół klasztorny, w którego podziemiach powstało unikatowe Muzeum Franciszkańskie z bezcennymi zbiorami.

Jednym z największych osiągnięć powojennych o. franciszkanów w Wejherowie jest szerzenie kultu maryjnego, centralizowanego wokół łaskami słynącego obrazu Matki Boskiej Wejherowskiej, znajdującego się od wieków w bocznym ołtarzu kościoła klasztornego. Zwieńczeniem tych starań była koronacja obrazu Matki Bożej, której 5 czerwca 1999 roku, dokonał papież Jan Paweł II podczas mszy świętej na sopockim hipodromie. Tym samym powstało w Wejherowie sanktuarium Pasyjno – Maryjne, które jest celem licznych pielgrzymek.

W 2004 roku zainstalowano w świątyni kamerę monitoringu, a każdego 11 dnia miesiąca lokalna sieć kablowa przeprowadza transmisję telewizyjną mszy świętej, dzięki czemu także chorzy w domach mogą łączyć się na wspólnej modlitwie przed obrazem wejherowskiej Matki Bożej.

Przy kościele działają obecnie liczne grupy parafialne – Akcja Katolicka, Franciszkański Zakon Świeckich, Żywy Różaniec, Grupa Charytatywna, Franciszkańska Unia Misyjna, Franciszkański Ruch Apostolski, Grupa „Pójdź za Mną”, „Oaza św. Franciszka”, a także Liturgiczna Służba Ołtarza, Chórek Parafialny. Do niedawna istniała również Orkiestra Dęta.

Przy klasztorze funkcjonuje też „Kuchnia św. Franciszka”, która wydaje codziennie darmowe posiłki dla najuboższych[4].

W Światowy Dzień Chorego tj. 11 lutego 2020 roku Arcybiskup Sławoj Leszek Głódź – Metropolita Gdański, zmienił tytuł kościoła parafialnego. Poszerzył go o wezwanie: "Matki Bożej Uzdrowienia Chorych na Duszy i na Ciele i św. Anny". To nawiązanie do pierwszego wezwania świątyni, które odnotował w swej kronice o. Grzegorz Gdański. Czytamy tam pod rokiem 1650 w przywileju króla Polski Jana Kazimierza, iż Jakub Wejher zbudował kościół na cześć Trójcy Świętej i św. Franciszka, a potem zbudował drugi kościół na cześć Najświętszej Maryi Panny i św. Anny z klasztorem Braci Mniejszych.