Pierwszą parafię na terenie Ownic erygowano między 1405 a 1461 rokiem. Należała do diecezji lubuskiej, dekanatu Ośno. Po reformacji mieszkańcy regionu stanęli po stronie wyznania luterańskiego. Ownice zostały przypisane do ewangelickiej parafii w Lemierzycach. Trudno dokładnie ustalić, jak wyglądał pierwszy obiekt sakralny, który stał w miejscu dzisiejszego kościoła. Wiadomo na pewno, że stało on co najmniej od XVII wieku, bo świadectwem są sięgające 1646 r. księgi kościelne. Stary budynek według opisu z 1665 r., miał prostokątną podstawę, liczne przypory, przedsionek od strony południowej i wieżę w postaci drewnianego rusztowania. Dopiero w 1753 r. przy zachodnim szczycie dobudowano szachulcową wieżę. Zawieszono na niej 60 centymetrowy dzwon odlany w 1649 roku przez Franza Voillarda. Nie znany jest żaden portret tamtej świątyni.
Obecny budynek kościoła powstał w 1867 r. jako filialna świątynia (Tochterkirche) gminy kościoła Ewangelicko - Unijnego w Lemierzycach na podstawie zarządzenia króla Prus Fryderyka Wilhelma III. Wyznanie ewangelickie było powszechne we wschodniej Brandenburgii i w państwach północnoniemieckich od czasów reformacji.
Budynek został wzniesiony w powszechnym wówczas stylu neogotyckim. Prawdopodobnie ze względu na to że miał to być kościół filialny, brakuje w nim zakrystii.
W 1945 roku budynek został przejęty przez polską administrację kościelną, po czym poświęcony i przeznaczony dla kultu katolickiego, zgodnie z wyznaniem zdecydowanej większości ówczesnych polskich osiedników. W 1951 r. ownicki kościół został przyłączony do powstałej parafii w Lemierzycach jako jej kościół filialny.
W 2007 r. budynek został wpisany do rejestru zabytków pod numerem rejestracyjnym L-255/A..