W 1945 roku zostało zniszczone całe wyposażenie kościoła, wypaleniu uległy także ściany kościoła, które były bogato polichromowane.
Dziś ściany kościoła zdobią wykonane w roku 1957 freski, które zdaniem historyków sztuki bardzo dobrze nawiązują do średniowiecznej malatury gotyckiej.
Sceny:
Wokół Matki Boskiej Jasnogórskiej zgodnie z wskazówką zegara:
a) Mieszko I zaprowadza w kraju chrześcijaństwo;
b) św. Jacek i św. Jadwiga, błogosławiony Bogumił arcybiskup gnieźnieński, błogosławiona Kinga, św. Jan Kanty;
c) św. Stanisław Kostka, błogosławiona Królowa Jadwiga, błogosławiony Wincenty Kadłubek bp krakowski, św. Klemens Dworzak, św Kazimierz Królewicz;
d) chojniczanie podejmują postanowienie wybudowania nowej świątyni na przedmieściu gdańskim;