Pierwszy kościół w Międzyborzu pobudowano w 1818 r. . Było on drewniany. Pełnił on raczej funkcję zboru ewangelickiego. Wynikało to z faktu, że wyznawców Lutra było tu wówczas w we wsi 10-krotnie więcej niż katolików. W 1885 r. kościół był kościołem filialnym parafii ewangelickiej w Czarnem. Katolicy uczęszczali do kościoła do Czarnego, a w okresie międzywojennym do Rzeczenicy. Obecnie istniejącą świątynię pobudowano w 1897 roku. Był to murowany kościół w stylu neogotyckim. Pierwotnie był tu zbór ewangelicki. Po II wojnie światowej, 7 października 1946 r. został wyświęcony i służy katolikom do dnia dzisiejszego. Jest kościołem filialnym parafii w Czarnem. Kościół służy również grekokatolikom. Parafia Greckokatolicka pw. Podwyższenia Krzyża Pańskiego funkcjonuje od 1969r.
