Pierwszy kościół p.w. św . Klary, założycielki zakonu klarysek, zapewne drewniany, z częścią murowaną, poświęcony został w 1285 r. Przebudowany w 1332 r. w stylu gotyckim, poświęcony został Trójcy Świętej. Liczne pożary sprawiły, że był on wielokrotnie przebudowywany i remontowany. Zachował jednak charakter budowli gotyckiej, o czym świadczy bryła świątyni oraz żebrowo krzyżowe sklepienie prezbiterium i kaplicy pod chórem. Kościół jest budowlą jednonawową, o wydłużonym pięcioprzęsłowym korpusie i krótkim, węższym od korpusu prezbiterium. Trzy zachodnie przęsła podzielone są na dwie kondygnacje. Górną zajmuje oratorium zakonne.

Ołtarz główny z 1699 r. i ołtarze boczne są dziełem artysty włoskiego Baltazara Fontany i wykonane zostały z czarnego marmuru oraz stiuku. Obraz w ołtarzu głównym, trybowany w srebrnej blasze przedstawia Trójcę Przenajświętszą ze świętymi: Franciszkiem, Piotrem, Janem Chrzcicielem, Pawłem i Kingą. W wieńczącej glorii umieszczona jest scena wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny. W ołtarzach bocznych znajdują się wizerunki św. Antoniego i św. Klary. Na drzwiach zakrystii malowidła z XVII w. przedstawiające przeniesienie relikwii św. Stanisława oraz zwycięstwo Bolesława Wstydliwego nad Jadźwingami. Ołtarze boczne w nawie kościoła barokowe poświęcone: po lewej, Matce Bożej Pocieszycielce Strapionych; po prawej, św. Kindze.W kościele znajduje się unikalna barokowa ambona z 1671 r. na rzucie gwiaździstym, z bogatą dekoracją rzeźbiarską przedstawiającą drzewo genealogiczne Chrystusa i Jego Matki. W przedsionku kościoła znajduje się gotycka chrzcielnica z XV w. w kształcie ośmiobocznego kielicha z dekoracją maswerkową. Wymyślna forma wieżyczki – sygnaturki (ok. 1779 r.) pośrodku korpusu kościoła nadana została przez krakowskiego architekta.

Do kościoła przylega czternastowieczna kaplica św. Kingi, otwarta od nawy dużym oknem w marmurowej oprawie barokowej, odgrodzona ozdobną kratą z XVII w. Po lewej stronie okna umieszczono tablicę pamiątkową, ufundowaną na podziękowanie za kanonizację Panie Ziemi Sądeckiej oraz za pobyt w tym miejscu Ojca Świętego Jana Pawła II 16 czerwca 1999 r. W kaplicy widoczny jest barokowy ołtarz z posągiem Świętej Księżnej (ok. 1470 r.) wyrzeźbionym w drewnie lipowym. We wnęce pod posągiem znajduje się trumienka z relikwiami Świętej. Bliżej kraty znajduje się dawny grobowiec Kingi w kształcie tumby, w którym początkowo spoczywało Jej ciało.